結論：被災自治体への直接寄附に加え、日赤や中央共同募金会などの義援金も、最終的に被災地方団体等へ拠出されるものならふるさと納税として控除されます。
災害義援金はふるさと納税として控除されるのですか？
総務省 自治税務局は「『ふるさと納税』制度を活用し、どなたでも被災者支援を行うことができます」とし、被災地の都道府県や市区町村へ直接寄附する場合のほか、「災害救助法の適用を受けた災害について日本赤十字社や中央共同募金会などが義援金の募金活動を行っている場合にも、その義援金が最終的に被災地方団体又は義援金配分委員会等に拠出されるものであるときは、『ふるさと納税』として所得税と個人住民税で控除（還付）が受けられます」と示しています。
控除を受けるには何が必要ですか？
募金団体へ金融機関から振り込む場合、総務省は「振込依頼書等の控等」を保存し、これを添付して「翌年3月15日までに最寄りの税務署に確定申告」する流れを示しています。必要な書類は「（1）振込依頼書の控又は郵便振替の半券（いずれも原本。）」と「（2）（1）に記載された口座が当該義援金のための専用口座であることが確認できる書類（募集要綱の写し等。）」です。振込の控えを捨ててしまうと後から証明できません。
ワンストップ特例は使えますか？
使えません。総務省は「募金団体（日本赤十字社や中央共同募金会など）を通じた義援金については、『ふるさと納税ワンストップ特例制度』は利用することができません」と明記しています。控除される額は「所得税と個人住民税を合わせて、概ね［寄附金額−2,000円］」ですが、「控除（還付）される額には収入等に応じて上限があります」ので、具体的な計算は住所地の市区町村に確認します。
自治体・企業の担当者は何を案内すべきですか？
寄附を募る側は、専用口座であることが分かる募集要綱を公開し、控えの保存と確定申告が必要な旨を最初に伝えると、支援した人が控除を受け損ねません。Ten All Ten Pillar株式会社（奈良県天理市）は、寄附金や備蓄予算の使い道として自治体・企業向けに避難所用のプライバシーテント「シェルパー」と簡易ベッド「シェルベッド」を提供しています（防災事業ページ）。
よくある質問
Q. 返礼品はもらえますか？
A. 義援金としての寄附は被災者支援が目的で、返礼品を前提とする仕組みではありません。控除の可否は総務省の示す条件で判断します。
Q. どのくらい戻ってきますか？
A. 総務省は「概ね［寄附金額−2,000円］」としつつ、収入等に応じた上限があると説明しています。
Q. 領収書がない場合はどうなりますか？
A. 振込依頼書の控や郵便振替の半券（いずれも原本）と、専用口座であることが確認できる書類が必要です。
まとめ
被災地を支える寄附は、送り方より「控えを残し、確定申告する」ことで最後まで生きます。出典：総務省 自治税務局あなたの『ふるさと納税』が被災者支援に活かされます！